O hospital dispõe de uma área de 83 mil m², sendo 50 mil m² de mata nativa preservada. Para oferecer cuidados específicos para cada uma de suas atividades, a instituição possui unidades de internação; dependência química, e cuidados agudos em saúde mental.

A instituição possui diversas parcerias com hospitais gerais de São Paulo. Essas parcerias são para a transferência de pacientes crônicos de longa permanência e para os pacientes psiquiátricos com risco de suicídio, fuga, agitação que possa comprometer a saúde e o bem-estar físico do próprio paciente. Um fato que facilita esse processo é que o Hospital Santa Mônica contar com acordos comerciais com mais de 40 operadoras.